Como parece ser que la versión de DNS3 para MAC no la distribuyen en DMG debido a que debe ser bastante tedioso y problemático, aquí expongo como hacerlo paso a paso:

Métod0 1

• Instalar Apple Devs Tools (viene en el DVD de Mac OS X o puedes descargarlo de una cuenta de desarrollador ADC). Ejecuta XcodeTools.mpkg.

• Descarga Python 2.6 para MacOS X e instalarlo.

• Descarge las librerías Qt para Mac e instalarlas.

• Descarga SIP, abre un terminal ve a la carpeta donde has descargado el fichero tar.gz y compila el programa siguiendo estos pasos: (ejemplo para SIP 4.9.3):

  tar xvzf sip-4.9.3.tar.gz
  cd sip-4.9.3
  python configure.py
  make
  make install

• Descarga PyQt y sigue estos pasos para descomprimir y compilar PyQt (ejemplo para PyQt 4.6.2):

  tar xvzf PyQt-mac-gpl-4.6.2.tar.gz
  cd PyQt-mac-gpl-4.6.2
  python configure.py
  make
  make install

• Descarga el fuente de GNS3 de la web de GNS3 o la versión de desarrollo y ejecuta el script llamado gns3.

Método 2

Este método puede llevar varias horas ya que todo se compila aunque es más flexible ya que se puede elegir entre versiones de dependencias más fácilmente.

• Descarga e instala MacPorts (Se necesita Apple Devs Tools, Xcode).

• Abrir un terminal e instalar la dependencias de GNS3, siguiendo estos pasos:

  sudo port install python26
  sudo port install python_select
  sudo python_select python26
  sudo port install py26-sip
  sudo port install py26-pyqt4
  sudo port install qt4-mac

• Descarga el fuente de GNS3 de la web de GNS3 o la versión de desarrollo y ejecuta el script llamado gns3.

Notas sobre MacPorts

Para evitar que MacPort instale las últimas versiones de las dependencias (algunas pueden no funcionar correctamente con GNS3) se puede forzar una versión concreta con @.

Ejemplo:

sudo port install py26-sip @4.9.3_0
sudo port install py26-pyqt4 @4.6.2_0
sudo port install qt4-mac @4.5.3_0

También podemos hacer en caso de que tengamos la última versión de QT y esta no funcione correctamente con GNS3, cambiar la versión a utilizar con MacPort usando el comando:

sudo port activate qt4-mac  @version_number

Esto lo que hace es desactivar la versión actual y activar la que se ha especificado.

Fuente: GNS3 Blog.